1.转录组测序5-基因差异表达分析

2.某加油站五月份营销一种油品的销售利润 (万元)与销售量 (万升)之间函数关系的图象如图中折线所示,

转录组测序5-基因差异表达分析

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转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。

上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cleandata数据比对至参考基因组后,获得各基因上测序序列的覆盖度,并进而将其定量为基因表达信息。在上一节中,我们基于所有基因表达的FPKM值,对样本进行主成分分析后发现,不同处理组间的样本区分明显,并能看出这种差异比同组不同重复之间更加容易识别。我们可知,肯定存在一些基因在两组间的表达水平差异很大,导致在PCA图中的两组样本的分区。结合实验设计,推测这些显著改变的基因与特定功能密切相关。

那么后续,如何根据基因表达值在不同分组间进行比较,获得处理组相对于对照组中表达值显著改变的基因,以便后续将基因表达与功能结合起来呢?本期视频继续讲解转录组测序中的关键环节,差异表达基因分析。

(1) RNAsq中常用的鉴定差异基因的统计学方法有哪些;

(2) 为什么通常使用负二项分布模型计算差异表达,而不使用常规的T检验或者是方差分析;

(3) 差异倍数fold change值指的什么;

(4) 差异表达的基因是基于阈值筛选出来的,阈值选择的标准有哪些;

(5) 与阈值接近的,可不可以算为差异基因;

(6) 不使用p调整值,而直接使用p值选择选择差异基因,是否可行;

(7) 通常样本重复数在多少是合适的;

(8) 为什么有时候qPCR结果和RNA-seq结果中,差异基因表达特征不一致,是RNA-seq不准吗;

(9) 常见图表解读,包括散点图、火山图、热图、韦恩图、时间趋势折线图等。

视频教程:

bilibili超清视频链接: style="font-size: 18px;font-weight: bold;border-left: 4px solid #a10d00;margin: 10px 0px 15px 0px;padding: 10px 0 10px 20px;background: #f1dada;">某加油站五月份营销一种油品的销售利润 (万元)与销售量 (万升)之间函数关系的图象如图中折线所示,

1)∵销售利润=(售价-成本价)×销售量

又1日库存6万升,成本价4元/升,售价5元/升,

且该加油站截止到13日调价时的销售利润为4万元,

∴4=(5-4)x,

x=4(万升).

故销售量x为4万升时,销售利润为4万元;

(2)设BC所对应的函数关系式为y=kx+b,

∵截止至15日进油时的销售利润为5.5万元,

且13日油价调整为5.5元/升,

∴5.5=4+(5.5-4)x,

x=1(万升).

∴B点坐标为(5,5.5).

∵15日进油4万升,进价4.5元/升,

又本月共销售10万升,

∴本月总利润为:

y=5.5+(5.5-4)×(6-4-1)+4×(5.5-4.5)

=5.5+1.5+4

=11(万元).

∴C点坐标为(10,11).

将B点和C点坐标代入y=kx+b得方程组为:

5.5=5k+b 11=10k+b ,

解得: k=1.1 b=0 .

故线段BC所对应的函数关系式为:y=1.1x.

(3).看斜率可知,是AB

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